Veja abaixo o que faço para ter um ótimo desempenho do meu pc.
Eu uso três programas com frequência:

1 - Autoruns (um dos mais potentes programas para verificar e remover os programas que estão sendo inicializados junto com o sistema).

2 - Process Explorer (mostra tudo o que está rodando, com a possibilidade de fechar processos que não deixam você encerrá-los manualmente).

3 - Ccleaner (limpa as entradas do registro).

Veja como é simples. Quando percebo que o computador está com baixo desempenho eu:

1 - Dou uma olhada nos programas que estão rodando com o Process Explorer, descubro qual o problema e finalizo o processo.

2 - Vou no Autoruns e removo a entrada do programa que está causando o problema.

3 - Faço uma limpeza no registro com o Ccleaner

Pronto. Simples, fácil e rápido!

O ComboFix. Ele restaurou todas as configurações que estavam danificadas e resolveu meu problema. É um pouco demorado, (uns 5 minutos, apesar de avisar que pode demorar mais dependendo do tanto de infecções) mas vale a pena esperar, pois os resultados são ótimos, meu pc ficou mais rápido ainda.